真核轉錄組測序是對真核生物特定組織或細胞在某個特定狀態下轉錄的所有mRNA進行測序。根據測序物種是否有參考基因組分為有參真核轉錄組和無參真核轉錄組，兩者的分析方法和分析內容有所不同。有參真核轉錄組測序數據與參考基因組比對，既可全面快速分析mRNA序列和豐度信息，也可對基因結構和產生的新轉錄本進行分析預測。無參真核轉錄組拼接出最長的轉錄本為unigene，以unigene為參考序列研究轉錄水平變化。目前已經廣泛應用于基礎研究、分子育種、臨床診斷和藥物研發等領域。

技術路線

技術路線

分析內容

    有參考
    1.     數據質控及統計
    2.     參考基因組比對
    3.     定量分析
          3.1     定量結果
          3.2     表達水平分布
          3.3     相關性分析
    4.     差異分析
          4.1     差異基因
          4.2     差異基因火山圖
          4.3     差異基因聚類
    5.     GO/KEGG/Reactome富集分析
          5.1     GO功能富集
          5.2     通路富集結果
          5.3     通路富集柱狀圖與散點圖
          5.4     KEGG富集通路圖
          5.5     Reactome富集分析
    6.     差異可變剪切分析 		    無參考
    1.     數據質控及統計
    2.     組裝
    3.     定量分析
          3.1     定量結果
          3.2     表達水平分布
          3.3     相關性分析
    4.     差異分析
          4.1     差異基因
          4.2     差異基因火山圖
          4.3     差異基因聚類
    5.     GO/KEGG/Reactome富集分析
          5.1     GO功能富集
          5.2     通路富集結果
          5.3     通路富集柱狀圖與散點圖
          5.4     KEGG富集通路圖
          5.5     Reactome富集分析

備注：人的樣品還可以分析融合基因，新轉錄本預測，轉錄因子分析和蛋白互作分析等。

案例解析

人類胚胎的遺傳組成結構
本研究通過單細胞轉錄組測序，對來自2-3日齡胚胎的卵母細胞、受精卵和單卵裂球進行檢測，分別發現有32個和129個基因在卵母細胞到四細胞過渡和四細胞到八細胞過渡過程中特異性表達，檢測出大量新基因，本研究為人類胚胎發育早期的細胞編程的研究提供參考。


參考文獻：
T?h?nen V, Katayama S, et al. Novel PRD-like homeodomain transcription factors and retrotransposon elements in early human development. Nature Communications, 2015.

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