RNA 甲基化指發生在RNA 分子上不同位置的甲基化修飾現象，RNA甲基化免疫共沉淀 （Methylated RNA Immunoprecipitation，MeRIP）基于m6A特異性抗體識別并結合mRNA上的m6A的原理，以RNA免疫共沉淀方法富集甲基化修飾片段為基礎，并聯合高通量測序，在全轉錄組范圍內研究發生m6A甲基化修飾的RNA區域。是表觀轉錄組學研究的關鍵技術。

技術路線

技術路線

分析內容

    1.     測序數據質量評估
    2.     參考序列比對分析
    3.     Peak Calling
    4.     Motif分析 		    5.     Peak相關基因注釋
    6.     樣品間差異Peak分析
    7.     差異Peak相關基因GO富集分析
    8.     差異Peak相關基因KEGG通路富集分析

案例解析

RNA甲基化轉移酶METTL14影響肝癌轉移
通過在男女各20例肝癌樣本中利用q-PCR的方法檢測目前已知的RNA甲基化酶和去甲基化酶的表達，發現RNA甲基轉移酶METTL14在肝癌中顯著下調。干擾METTL14后，利用dot blot和northern blot方法，發現整體RNA甲基化水平也明顯降低。通過細胞功能學實驗發現，下調表達的METTL14能夠促進細胞凋亡、抑制細胞增殖、抑制細胞周期進程。在干擾METTL14的細胞系中，p21及其他細胞周期相關基因出現差異表達，并且這些基因包含有數據庫中的RNA甲基化位點。在尋找影響METTL14表達的因素時，IL1β能夠明顯下調METTL14的表達。結果表明METTL14在肝癌中下調表達并且可能通過RNA甲基化修飾影響細胞周期相關蛋白的表達從而抑制細胞周期進程，METTL14以及RNA甲基化修飾對于肝癌的發展具有重要的作用。


參考文獻：
Jin-zhao Ma,1 Fu Yang, et al. METTL14 suppresses the metastatic potential of hepatocellular carcinoma by modulating N6‐methyladenosine‐dependent primary MicroRNA processing. Hepatology, 2017.

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